作为一门横跨文理的新兴交叉学科，教育神经科学的发展得到了美国、英国、德国、日本、荷兰、印度等发达国家和发展中国家高层领导与政府部门的高度重视与大力支持，这些国家的自然科学基金委、教育部等都有教育神经科学的专项支持项目。

自上个世纪90年代中期以来，美国政府的高层领导人多次召开会议，如1997年，克林顿政府召开的“儿童早期发展与学习：脑科学对早期儿童教育的启示”、2001年布什政府召开的“早期儿童认知发展”、2015年1月奥巴马政府召开的“神经科学与学习”等白宫会议，对教育神经科学研究成果的转化应用发挥了重要的引领作用。美国已经将“教育”列入国家脑计划的支持范围。2005年，美国自然科学基金委（NSF）斥资9亿美元，组建了包括教育学、认知神经科学、心理学、计算科学四个学科领域专家合作的跨学科研究团队，大力推动教育神经科学的研究，并且已经设立了多个持续性支持项目。

英国皇家学会于2010年发布了四个有关神经科学的研究报告（脑浪潮计划）。其中，《神经科学：对教育与终身学习的启示》报告了教育神经科学对于教育发展的重要价值。

德国联邦教育与研究部大力支持教育神经科学的发展，专门设立了神经科学、教学与学习基金项目。

2001年，日本政府启动大型的“脑科学与教育”研究项目，将脑科学研究作为国家教育发展的一项战略任务。

2001年，荷兰科学委员会启动了总预算达2.9亿欧元的“国家项目”，设立心智的学习、心智的健康、心智的运作三个主题。

发展中国家中，印度科学与技术部在2013-2014年启动了国家教育神经科学计划，其主要目的是鉴别学习困难的学生，包括阅读障碍、读写障碍以及计算障碍等认知缺陷。